Au cours des cinquante dernières années, il y a eu plusieurs cycles de violence au Sahara-Sahel au cours desquels la souveraineté des États a été remise en cause par des rivalités interétatiques et des juntes militaires, ainsi que, de plus en plus, par des non-acteurs étatiques ayant des revendications d’autonomie gouvernementale, indépendantistes ou religieuses.
Les 15 premières années qui ont suivi l’indépendance des États sahélo-sahariens (1960-75) ont été caractérisées par une relative stabilité qui, avec le recul, contraste avec la période actuelle. Bien qu’il y ait eu plusieurs coups d’État dans la région qui ont inauguré des régimes autoritaires au Tchad, au Mali, au Niger et en Libye, les relations entre les États nouvellement indépendants ont été relativement pacifiques et il y a eu peu de cas de conflit ouvert. Néanmoins, le nord du Mali a connu sa première rébellion touareg (1962-64), qui a été brutalement écrasée par le gouvernement de Modibo Keïta, et le Front de Libération Nationale du Tchad (FROLINAT) a été créé au Soudan en 1966.
La période 1975-90 a été marquée par deux conflits régionaux majeurs. Dans l’extrême ouest du continent, la crise du Sahara Occidental a mis le Maroc et la Mauritanie en conflit avec le Front populaire de libération de Saguia el-Hamra et Río de Oro (Polisario), allié de l’Algérie, à partir de 1976. La construction par le Maroc de plusieurs murs défensifs entre 1980 et 1987 et le cessez-le-feu négocié en 1991 par la Mission des Nations Unies pour l’Organisation d’un Référendum au Sahara Occidental (MINURSO) a confirmé le contrôle de facto du Maroc sur la majeure partie du Sahara occidental.
Dans l’est, la Libye et le Tchad se sont affrontés sur la zone désertique de la bande d’Aouzou après son invasion par les forces libyennes en 1973. Après un cessez-le-feu signé en 1987, la Cour internationale de Justice (CIJ) a réglé le différend en 1994 en affirmant la souveraineté du Tchad . La CIJ a également été appelée à régler plusieurs différends transfrontaliers dans les années 1980, entre le Burkina Faso et le Mali pour le contrôle de la bande d’Agacher (1985-86), et entre le Nigéria et le Cameroun dans la région du lac Tchad et la péninsule de Bakassi (1987 -2002).
Les années 90 ont marqué le début d’une nouvelle période d’instabilité caractérisée par une augmentation des conflits opposant les États, les rebelles et les extrémistes religieux. Entre 1990 et 2016, par exemple, pas moins de 20 groupes armés étaient en conflit ouvert avec le gouvernement du Mali, à commencer par le Mouvement populaire pour la libération de l’Azawad (MPLA), dont la campagne armée a été lancée dans les premières années de la transition démocratique a conduit à la signature d’un pacte national destiné à favoriser l’intégration des Touaregs dans la société malienne en 1996. Parallèlement, une rébellion a mis en conflit le gouvernement nigérien et plusieurs groupes touaregs dont le Front de libération de l’Aïr et de l’Azawad (FLAA) et le Résistance de coordination armée (CRA). Après de nombreuses atrocités commises par les forces gouvernementales et rebelles, les hostilités ont pris fin avec la signature de l’accord de Ouagadougou en 1995.
La région a été secouée par une deuxième vague de rébellions au milieu des années 2000. Au Mali, plusieurs chefs touaregs de rébellions précédentes ont renouvelé leurs revendications indépendantistes en attaquant Kidal et Menaka en 2006. L’Accord d’Alger signé cette année-là a mis un terme provisoire aux violences, avant un nouveau soulèvement mené par l’Alliance démocratique du 23 mai 2006 for Change (ADC) au Mali et le Mouvement nigérien pour la justice (MNJ) au Niger ont apporté une nouvelle instabilité dans la région de 2007 à 2009.
Ces conflits, fréquemment interrompus par une série d’accords fragiles, ont affecté différemment l’équilibre politique interne des États sahélo-sahariens. Au Niger, l’intégration d’anciens rebelles dans l’armée nationale et les autorités locales décentralisées a contribué à apaiser les tensions sahariennes. Au Mali, en revanche, la politique du président Amadou Toumani Touré (2002-12) consistant à tenter de gouverner le nord à travers les tribus alliées touaregs a conduit au retrait des institutions étatiques, à la prolifération du trafic transsaharien et à l’arrivée de groupes extrémistes dès le milieu des années 2000. Dans le même temps, l’agression libyenne qui a conduit au renversement du colonel Kadhafi en 2011 a créé une nouvelle source d’instabilité dans le nord du Sahara, conduisant de nombreux mercenaires touareg de l’armée libyenne à retourner au Mali pour prendre part au nouveau soulèvement, á une augmentation du trafic d’armes légères à partir des stocks libyens.
En janvier 2012, le développement de l’extrémisme religieux a pris une dimension sans précédent à la suite de l’alliance circonstancielle du groupe extrémiste Ansar Dine et des rebelles touareg du Mouvement National pour la Libération de l’Azawad (MNLA). En l’espace de quelques semaines, le nord du Mali et ses principales villes ont été saisis et le gouvernement du président Touré remplacé par une junte militaire. La détérioration de la situation sécuritaire a conduit le Conseil de sécurité des Nations Unies à autoriser le déploiement d’une force internationale au Mali en décembre 2012. En janvier 2013, une nouvelle offensive des extrémistes religieux contre Mopti a convaincu le président par intérim du Mali, Dioncounda Traoré, de demander la intervention de l’armée française, qui a lancé l’opération Serval.
Au terme d’une opération d’une ampleur inédite depuis la guerre d’Algérie, l’armée française, soutenue par les troupes maliennes et tchadiennes, a rapidement repris le nord du Mali et détruit des bases appartenant à AQMI, Mouvement pour l’Unité et le Jihad en Afrique de l’Ouest (MUJAO) et Ansar Dine à Tombouctou, Gao, Kidal et dans l’Adrar des Ifoghas. En rétablissant l’intégrité territoriale du Mali, l’armée française a ouvert la voie au déploiement de la Mission multidimensionnelle intégrée des Nations Unies pour la stabilisation au Mali (MINUSMA) et de la Mission de formation de l’Union européenne au Mali (EUTM Mali).
En août 2014, les forces militaires françaises se sont de nouveau réunies dans le cadre de l’opération Barkhane pour combattre les groupes terroristes alors qu’une solution politique au conflit au Mali ne s’est pas concrétisée. Près de cinq ans après la reprise du nord du Mali, l’insécurité alimentée par les rivalités entre anciens rebelles, extrémistes religieux et factions de la force internationale de maintien de la paix reste préoccupante. Malgré le succès initial de l’opération militaire Serval, les forces maliennes, africaines et internationales présentes au Mali sont régulièrement la cible d’attaques par Al-Mourabitoun, Ansar Dine, AQMI et le Front de Libération de Macina (FLM), réunis sous le nom de Jama ‘ a Nusrat ul-Islam wa al-Muslimin ‘(JNIM) depuis mars 2017. Plusieurs attentats terroristes ont été perpétrés dans le sud du pays alors que l’autorité du gouvernement du Mali reste notoire dans de nombreuses juridictions du nord qui abritent encore anciens rebelles touaregs. La cartographie des attaques menées par les principaux groupes extrémistes de la région depuis le début de la guerre du Mali en 2012 illustre l’activité transnationale d’AQMI et de ses affiliés (Al-Mourabitoun, et ceux qui signent dans le sang), et Boko Haram.
Loin de se limiter aux confins du Sahara, l’instabilité croissante qui a marqué le début de la décennie début 2010 s’est également étendue aux pays riverains du lac Tchad. La région est confrontée à une insurrection jihadiste particulièrement sanglante qui a commencé avec les revendications de la secte Boko Haram, initialement concentrée dans la ville de Maiduguri, dans l’État nigérian de Borno, et qui cherche la création (ou la restauration) d’un État islamique en Nigeria. Après la mort de son dirigeant Mohammed Yusuf en 2009, les actions de Boko Haram se sont fait ressentir de manière spectaculaire, tant au niveau de son expansion territoriale que du nombre de victimes civiles et militaires de ses activités. Les efforts militaires entrepris par les pays riverains du lac Tchad et leurs partenaires internationaux à partir de 2013 ont permis de réduire considérablement le nombre d’attaques et de victimes depuis 2015.
Les conflits récurrents entre États et organisations non étatiques ont ajouté au désordre domestique au sein des États sahélo-sahariens, qui n’a en aucun cas disparu depuis la fin de la guerre froide. Il y a eu huit coups d’État réussis depuis la fin des transitions vers la démocratie dans les années 1990, en Mauritanie (2005, 2008), au Niger (1996, 1999, 2010), au Tchad (1990) et au Mali (1991, 2012, 2020). Bien qu’ils aient fait peu de victimes, ils ont néanmoins déstabilisé les institutions démocratiques et encouragé les élites présidentielles à investir dans les corps d’élite plutôt que dans les armées chargées de la sécurité nationale.
Au Mali et au Burkina Faso, ces unités hautement spécialisées chargées de la garde du président (commandos parachutistes et Régiment de sécurité présidentielle) ont été réintégrées dans l’armée ou dissoutes. En plus des coups d’état, se sont ajoutés les mouvements de protestation populaire qui ont débuté fin 2010 et ont conduit à une recrudescence de la violence politique et de l’extrémisme religieux en Tunisie et en Libye, ainsi qu’à des manifestations généralisées en Mauritanie, au Sénégal et au Burkina Faso, autant de signes annonciateurs d’un refus des peuples émanant d’un fort éveil de conscience citoyenne.
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